Wann genau die Bauernkirche erbaut wurde, ist unbekannt. Sicher ist nur, dass sie eine der ältesten Kirchen Westfalens ist. Vermutlich geht ihre Gründung auf die Zeit Kaiser Karls des Großen und des Sachsenherzogs Wittekind zurück. Für eine sehr frühe Gründung der Kirche spricht auch, dass die Bauernkirche dem heiligen Pankratius geweiht war, einem Märtyrer, der sich als Schutzherr nur bei ganz frühen Kirchengründungen findet.

Alte Iserlohner Karten zeigen, dass früher der Baarbach die Kirche und den Friedhof umfloss. Auf dieser Insel soll also schon um 800 ein erster Kirchebau gestanden haben.

Im Mittelalter war die Kirche Dekanatskirche und so bedeutend, dass die Städte Menden, Neheim, Attendorn, Olpe, Wenden, Meinerzhagen und Hagen an sie Altarsteuer abzuführen hatten. Nachdem Iserlohn das Stadtrecht und eine Stadtmauer erhalten hatte, lag die Pankratiuskirche außerhalb der Stadt. Während die Iserlohner zum Gottesdienst in die um 1350 erbaute Marienkirche (heute Oberste Stadtkirche) gingen, versammelte sich in der „unnersten Kerke“ die ländliche Bevölkerung des großen, die Stadt umschließenden Kirchspiels zum Gottesdienst. Darum erhielt sie nach der Reformation den Namen „Kirchspielskirche“ oder „Bauernkirche“.

Über die Baugeschichte der Bauernkirche ist wenig bekannt. Sicher ist nur, dass sie Iserlohns ältestes erhaltenes Bauwerk ist, dessen Mauern, zumindest teilweise älter als 1000 Jahre sind. Der Turm, mit Sicherheit der älteste Teil der Kirche, ist etwa 60 Meter hoch. In ihm hängen fünf Bronzeglocken, die seit 2009 die alten Stahlglocken ersetzen.

Im Inneren fallen vor allem der spätgotische, holzgeschnitzte und ursprünglich farbige Altar ins Auge, der von einem unbekannten Künstler etwa um 1450 gefertigt wurde und die Barockkanzel, die ein Schwerter Künstler um 1747 geschaffen hat.

Nachdem die Bauernkirche im Jahr 2005 nicht mehr von der Gemeinde finanziert werden konnte, übernahm sie der „Förderverein Bauernkirche“ mit dem Ziel, sie als Gotteshaus zu erhalten, ein für diese Zeit einmaliges Pilot-Projekt in ganz Deutschland. Durch großes bürgerschaftliches Engagement wurde die Kirche außen und Innen renoviert und ausgestattet und steht heute sowohl für die sonntäglichen Gottesdienste als auch für Konzerte und Veranstaltungen des Fördervereins zur Verfügung.